Inauguré en 1964 par Manos Faltaïts, le musée se considère comme un des premiers musées historiques et folkloriques en Grèce. Le musée a été créé dans un effort de sauvegarder le patrimoine traditionnel de Skyros et de faire comprendre aux grecs que le présent et le futur doivent être fondés sur la tradition.

Dès sa fondation le Musée Faltaïts est se voit comme une entité vivante que s’évolue constamment avec beaucoup d’activités à son actif.

Les collections du musée ont été formées surtout pendant les années ’80. Les collections ont été complétées, principalement, par la donation du fichier des dessins de Giannoulis Babousis, qui était un remarquable sculpteur sur bois en Skyros, et la donation de la collection des sculptures et effigies de la famille Georganti, autres petites donations et la collection des peintures de Manos Faltaits qui comprise la galerie du musée.