Το Μουσείο, από την ίδρυσή του το 1964, έχει μακρά παράδοση στην οργάνωση λαογραφικών και ιστορικών εκθέσεων, μεταξύ των οποίων:

- Πώς απέθανεν η Μικρά Ασία - Έκθεση για την Μικρασιατική Εκστρατεία και Καταστροφή μέσα από το ιστορικό αρχείο του Κωνσταντίνου Φαλτάϊτς

- Έκθεση αφιερωμένη στη συμπλήρωση 100 χρόνιων από το τέλος Βαλκανικών Πολέμων

- Έκθεση έργων ζωγραφικής της Έλλης Σολωμονίδου

- Διαρκής έκθεση έργων ζωγραφικής Μάνου Φαλτάϊτς

- Διαρκής έκθεση αντικειμένων εμπνευσμένων από την παράδοση, σύγχρονων δημιουργών

- Έκθεση εργαλείων και αντικειμένων της ελληνικής παραδοσιακής οικονομίας

- Έκθεση σχεδίων και έργων ζωγραφικής του Σκυριανού πρωτομάστορα και λαϊκού ζωγράφου Γιαννούλη Μπαμπούση

- Έκθεση ενθυμημάτων-χειρογράφων Κωνσταντίνου Φαλτάϊτς (1974)

- Έκθεση ζωγραφικής έργων για τη Σκύρο (1966)

- Είδη σύγχρονης παραδοσιακής δημιουργίας Σκυριανών (1965)

-Το 2015 το Μουσείο πραγματοποίησε εκδηλώσεις για την επέτειο των 100 χρόνων από τον θάνατο του Άγγλου ποιητή Rupert Brooke, ενώ, στο πλαίσιο του 7ου Σεμιναρίου για το Ρεμπέτικο πραγματοποιήθηκε έκθεση αφιερωμένη στη συμβολή του Κωνσταντίνου Φαλτάϊτς στην έρευνα για το ρεμπέτικο τραγούδι.

-Το 2018, με την ευκαιρία συμπλήρωσης 50 χρόνων από τον Γαλλικό Μάη, το Μουσείο διοργάνωσε έκθεση με αυθεντικό έντυπο υλικό της εποχής και την μαρτυρία της Αναστασίας Φαλτάϊτς για το Παρίσι του 1968, λίγο πριν τα γεγονότα του Μάη της χρονιάς εκείνης. 

-Το 2021, συμμετέχοντας στις εκδηλώσεις για την την επέτειο των 200 ετών από την Ελληνική Επανάσταση, το Μουσείο πραγματοποίησε στους χώρους του έκθεση με ντοκουμέντα της Φιλικής Εταιρείας και άλλα πολύτιμα έγγραφα της περιόδου, από τις συλλογές του.