Το περίφημο αρχείο εγγράφων του Μουσείου περιλλαμβάνει έγγραφα από τη Βυζαντινή εποχή, την Τουρκοκρατία, της Φιλικής Εταιρείας, της Επανάστασης του 1821, της Καποδιστριακής και Οθωμανικής εποχής, των μεγάλων νεώτερων ιστορικών γεγονότων του πολέμου του 1897, του Μακεδονικού Αγώνα, των Βαλκανικών Πολέμων (1912-1913), του Εμφύλιου Διχασμού, της Μικρασιατικής Εκστρατείας και Καταστροφής, του Β' Παγκοσμίου Πολέμου και της γερμανο-ιταλικής κατοχής, του εμφυλίου πολέμου, του Κυπριακού αγώνα για την Ένωση της Κύπρου με την Ελλάδα 1955-1958, καθώς και της πολιτικής ζωής μέχρι σήμερα.
Το Αρχείο εγγράφων του μουσείου καλύπτει μια εποχή πολλών αιώνων.
Πέραν των ειδικών και χρονολογικά ταξινομούμενων κατηγοριών, εκείνα που ξεχωρίζουν για το ειδικό βάρος τους, όσον αφορά την Ελληνική ιστορία και συγκεκριμένα την περίοδο της Επανάστασης του 1821 είναι:
Α. Η χειρόγραφη πρωτότυπη Προκήρυξη της Φιλικής Εταιρείας για την Επανάσταση του 1821, αριστουργηματικό κείμενο ύφους και περιεχόμενου. Τούτη βρίσκεται στα Αρχεία του Μουσείου από τον πρόγονο της οικογένειας Φαλτάϊτς, το Γεώργιο Τζάνο, στενότατο συνεργάτη και έμπιστο του Αλεξάνδρου Υψηλάντη.
Β. Η αποκήρυξη της Επανάστασης από τον Πατριάρχη Γρηγόριο τον Ε΄ και τους Συνοδικούς. Πρόκειται για ένα σπάνιο ντοκουμέντο που αφορά την ιστορία της Επανάστασης του 1821
Γ. Σουλτανικό Φιρμάνι βάσει του οποίου δίνονταν το προνόμιο στους Σκυριανούς, μετά την κατάληψη της Σκύρου από τους Τούρκους το 1538, να διατηρήσουν την περιουσία, την θρησκεία και τη γλώσσα τους καθώς και το δικαίωμα της αυτοδιοίκησης.
Δ. Επιστολή του Διδασκάλου του Γένους Νεόφυτου Βάμβα, προς το Μεγάλο Εθνικό Ευεργέτη Ιωάννη Βαρβάκη -1820.
Ε. Έγγραφο του Αυγουστίνου Καποδίστρια προς το Γεώργιο Γριμάλδη, πρόγονο της Άννας-Μαρτσέλο- Φαλτάϊτς- 1829. ( Πολλά κειμήλια του Γριμάλδη βρίσκονται στο μουσείο).
Όσον αφορά τώρα τις γενικότερες κατηγορίες εγγράφων υπάρχουν τα εξής:
Α. Χειρόγραφα από τη Βυζαντινή, ακόμη εποχή.
Β. Έγγραφα της περιόδου της τουρκοκρατίας που κλιμακώνονται από το 17ο αιώνα και μετά μέχρι την επανάσταση του 1821.
Τα περισσότερα αφορούν την ιστορία της Κοινότητας Σκύρου, αλλά και την ευρύτερη Ελληνική ιστορία.
Συγκεκριμένα πρόκειται για τις εξής κατηγορίες εγγράφων:
1. Δημόσια έγγραφα της Δημογεροντίας Σκύρου
2. Δημόσια τουρκικά έγγραφα, αλληλογραφία των τουρκικών αρχών με τη Δημογεροντία Σκύρου
3. Έγγραφα καλούμενα «Προξενικά», πιστοποιητικά των πλοιάρχων των Ευρωπαϊκών εμπορικών πλοίων.
4. Ιδιωτικά έγγραφα-Αρχείο εγγράφων του δημάρχου Σκύρου Κωνσταντίνου Μαυρίκη- Αφορά την κοινότητα Σκύρου.
5. Αρχείο χειρογράφων, ημερολογίων και απομνημονευμάτων του Δημητρίου Φαλτάϊτς- Περιέχει πολυτιμότατες πληροφορίες για την Οδησσό, Ταϊγανρόγ και Σμύρνη, καθώς και τη ζωή των Ελληνικών κοινοτήτων στις πόλεις αυτές, όπου κινήθηκε και έζησε ο Δημήτριος Φαλτάϊτς στα τέλη του 19ου αιώνα.
6. Αρχείο του Κωνσταντίνου Φαλτάϊτς. Στο αρχείο αυτό πέραν του όγκου του δημοσιευμένου και ανέκδοτου έργου του, υπάρχουν πολυτιμότατα ντοκουμέντα από την Μικρασιατική εκστρατεία και την καταστροφή. Το Αρχείο του αυτό, ανέκδοτο ως σήμερα, ρίχνει φως σε πτυχές της τραγικής αυτής περιόδου της νεώτερης Ελληνικής ιστορίας, γιατί ο Κωνσταντίνος Φαλτάϊτς βρέθηκε σε πρωταγωνιστικό ρόλο στο πεδίο των συγκρούσεων και έζησε την περίοδο των σφαγών, όντας πολεμικός ανταποκριτής στον πόλεμο αυτό, όπου και τραυματίστηκε.
7. Αρχείο χειρογράφων του Αλεξάνδρου Παπαδιαμάντη.
Το αρχείο αυτό περιήλθε στα χέρια του Κωνσταντίνου Φαλτάϊτς μετά το θάνατο του Παπαδιαμάντη, δοσμένο από τις αδελφές του.
Θα πρέπει να πούμε ότι ο Κ. Φαλτάϊτς ήταν εκείνος που επανέφερε στο προσκήνιο τον Παπαδιαμάντη, κάνοντας αγώνα γι αυτό, από το 1919 και μετά μέχρι το θάνατό του το 1944. Στο Αρχείο αυτό περιλαμβάνονται χειρόγραφα διηγήματα και ποιήματα.
8. Αρχείο του Υπουργείου των Εξωτερικών της περιόδου 1840-1910( Σε φωτοτυπίες).Τα έγγραφα αυτά αποτελούν την αλληλογραφία του υπουργείου με τους κατά τόπους σε ολόκληρη την Ευρώπη και τα Βαλκάνια, πρεσβευτές και προξένους της Ελλάδας.
9. Αρχείο του Συνδέσμου Σκυρίων 1922- 1944. Ο Κωνσταντίνος Φαλτάϊτς υπήρξε ο ιδρυτής του Συνδέσμου αυτού.
10. Αρχείο του Ελληνικού Φοιτητικού Κινήματος 1955-1959, στο οποίο ο Μάνος Φαλτάϊτς είχε πρωταγωνιστικό ρόλο.